Hệ thống chính trị ở miền Nam chịu sự lãnh đạo của Đảng Lao động tương tự như ở ngoài Bắc. Cơ chế Đảng lãnh đạo từ thời Việt Minh, sau 1945, tới Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam sau này thời bao cấp và Đổi mới, không có nhiều khác biệt. Nó tuân theo một nguyên tắc Leninist là "dân chủ tập trung" hay "tập trung dân chủ". Cơ chế lãnh đạo chính quyền, Mặt trận và Liên minh, các đoàn thể nói chung có một số nguyên tắc cơ bản:

• Những vấn đề thuộc thẩm quyền riêng của Đảng mà không phải của Mặt trận hay chính quyền, thì Đảng quyết định như những vấn đề quan trọng thuộc về nội bộ Đảng, các vấn đề cần giải quyết nhanh chóng hay vấn đề nhạy cảm.
• Những vấn đề cần chính quyền, Mặt trận thể chế hóa thành pháp luật hay các văn bản của họ về nguyên tắc, cơ quan Đảng thuộc thẩm quyền có thể ra đường lối chủ trương theo quan điểm của chính họ, thông thường sẽ lấy ý kiến của cơ quan chính quyền, đoàn thể, các cơ quan bộ ban ngành liên quan, sau đó Đảng ra quyết định. Khi đã có quyết định của Đảng thì bên Mặt trận, chính quyền phải phục tùng ban hành quyết định dựa theo ý kiến của Đảng. Nếu có ý kiến khác thì vẫn phải tuân thủ ý kiến của Đảng, không được làm trái, nhưng cá nhân hay tổ chức có quyền bảo lưu ý kiến riêng báo cáo lại cơ quan Đảng để sau cơ quan hay lãnh đạo Đảng xem xét ra quyết định lại, hoặc có thể trình lên cấp ủy Đảng cấp trên để cấp ủy cấp trên xem xét bãi bỏ quyết định cấp dưới hay không. Thông thường các cuộc họp quan trọng của Đảng liên quan trách nhiệm của cơ quan bên chính quyền hay Mặt trận đoàn thể, sẽ mời thêm một số cán bộ của các cơ quan bên Mặt trận, chính quyền tham dự để góp ý, giải trình, và họ không có quyền biểu quyết.
• Những vấn đề thuộc phạm vi cơ quan nào phụ trách trực tiếp, cơ quan đó có quyền đệ trình ra cấp ủy Đảng quyết định, hoặc cấp ủy Đảng có quyền yêu cầu cơ quan đó đệ trình vấn đề mà cơ quan đó phụ trách để cơ quan Đảng ra quyết định. Cơ quan Đảng dựa vào đệ trình của cơ quan bên Mặt trận, chính quyền xem xét quyết định, sau đó sẽ đưa lại cho bên Mặt trận và chính quyền thể chế hóa thành đường lối, pháp luật của họ.
• Các vấn đề mang tính sự vụ, hành chính, hay không quan trọng, bên Mặt trận, đoàn thể chính quyền tự quyết sau đó báo cáo lại cấp ủy Đảng, thậm trí không cần báo cáo.

Cơ chế lãnh đạo theo chiều dọc từ cấp trung ương đến xã, thôn, bản, ấp, các chi bộ Đảng. Theo chiều ngang có đảng bộ các cơ quan mặt trận, đoàn thể, chính quyền, sở ban ngành. Các cơ quan tổ chức quan trọng ngoài đảng bộ, là các đảng đoàn và ban cán sự đảng do cấp trên bổ nhiệm xuống. Trong Quân Giải phóng áp dụng cơ chế quản lý riêng.

Thực tế trong suốt cuộc chiến tranh nhiều lần bên Đảng có họp bàn về vấn đề có công khai trước toàn thế giới là Đảng Lao động lãnh đạo cách mạng miền Nam hay không, hay là để bên Mặt trận và chính phủ công khai, còn Đảng đứng sau lưng, và gần như lần nào cũng là quyết định vẫn nên để bên Mặt trận đứng công khai, chứ chưa tiện để Đảng đứng công khai. Việc thành lập chính quyền cũng bàn từ năm 1960 nhưng nhiều vấn đề nên luôn gác lại, liên quan vấn đề chủ trương là Mặt trận đấu tranh vũ trang nhưng luôn để ngỏ thành lập một chính phủ liên hiệp với những thành phần khác ở Sài Gòn, hay là vấn đề thành lập chính phủ gây khó khăn thế nào về pháp lý đối với vai trò của chính quyền ngoài Bắc đối với miền Nam, ngoài ra còn do các vùng cách mạng kiểm soát không ổn định, đa số là vùng phên dậu, "ngày Quốc gia đêm Việt cộng" rất phổ biến, mà chủ trương chính là đánh suy yếu đối phương hơn là giành dân lấn đất do khả năng quản lý còn kém của bên cách mạng, thiếu nhân vật lực, nên các vấn đề thành lập chính quyền hay bị gác lại. Có một thực tế là khi có đất quản lý, thì người dân tự quản là chính, còn bên đảng hay Mặt trận, và sau là chính quyền cử cán bộ quản lý, nhưng cơ chế đơn giản.

Việc thành lập chính phủ năm 1969 mục đích chính là phục vụ cho ngoại giao, đàm phán. Nguyễn Hữu Thọ đứng gần như ngang và độc lập với Hồ Chí Minh, hai người có quyền lực hành pháp riêng. Về bề ngoài Mặt trận là một phong trào chính trị, có quyền hành pháp độc lập (khi chưa có chính quyền), không lệ thuộc Chính phủ ngoài Bắc. Đến năm 1968 khi Quân Giải phóng tấn công các đô thị, lúc này cần thiết có một Mặt trận khác thu hút các lực lượng ở các đô thị, các tầng lớp trên trong xã hội đô thị miền Nam, do đó ra đời Liên minh các Lực lượng Dân tộc, Dân chủ và Hòa bình Việt Nam. Tổ chức này về hình thức bên ngoài là sự nổi dậy của quần chúng đô thị mà lập ra, nên khi Quân giải phóng vào Huế, thì dùng cờ của tổ chức Liên minh, không dùng cờ Mặt trận.

Việc thành lập chính thể mới, nhằm nâng phe cách mạng miền Nam ngang hàng với Sài gòn, nhưng miền Bắc không thể dễ can thiệp các vấn đề miền Nam về mặt pháp lý. Tranh cãi nhiều nhất vẫn là vấn đề pháp lý cho quân đội ngoài Bắc vào miền Nam. Năm 1954 theo Hiệp định Genève, thì Quân đội nhân dân phải rút khỏi miền Nam và Lào, Campuchia, nhưng lực lượng chính trị của cách mạng (Liên Việt) được ở lại miền Nam. Chính phủ Việt Nam Dân chủ Cộng hòa không có thẩm quyền ở trong Nam, ngoài việc được bố trí lực lượng chính trị ở lại để chuẩn bị cho tổng tuyển cử. Do đó Mỹ về sau khi phát hiện quân ngoài Bắc ở trong Nam lấy cớ đó để đổ bộ quân vào. Miền Bắc lại đưa ra lập luận bên Mỹ và Sài Gòn vi phạm hiệp định trước và họ khẳng định lại chủ quyền cả nước (khi bên kia đã vi phạm), nhưng mặt khác có sự ra đời của Mặt trận, nên họ chỉ nói là đi giúp thôi. Do đó mà họ gọi quân đội nhân dân ở miền Nam là Quân Giải phóng. Trong khi đối phương yêu cầu gọi quân đó là Quân đội nhân dân, và là chủ đề gây tranh cãi đến khi hiệp định Paris ký kết.

Theo hiệp định này thì miền Nam có 2 chính quyền, 2 quân đội là Quân lực Việt Nam Cộng hòa và Quân Giải phóng. Như vậy việc Mỹ thừa nhận Quân đội nhân dân ở miền Nam là một bộ phận Quân Giải phóng cũng là đồng nghĩa họ phải thừa nhận đội quân đó được phép ở lại. Lúc này bên cách mạng thừa nhận công khai việc chi viện của miền Bắc cho miền Nam như đã có trước đó, nhưng rõ ràng hơn. Có một thực tế là rất nhiều cán bộ Chính phủ cách mạng là người miền Bắc, nhiều cán bộ miền Bắc trong phái đoàn Cộng hòa miền Nam Việt Nam đi đàm phán ở Paris, hay hiện diện ngay Sài Gòn tại trại David. Bộ Tư lệnh quân giải phóng cũng có nhiều người là tướng lĩnh của Quân đội nhân dân như Tướng Trà khi đến làm nhiệm vụ tại trại David năm 1973 với tư cách tư lệnh Quân giải phóng, ông công khai với đối phương là trung tướng Quân đội nhân dân.

Đảng Nhân dân cách mạng về lý thuyết là phục tùng nghị quyết Đại hội III về cách mạng hai miền, nên tách ra về tổ chức, họ vẫn theo đường lối Đại hội III, nhưng không lệ thuộc Đảng Lao động sau đó. Về đảng đoàn, thì ở cả Mặt trận, Liên minh, và Chính phủ đều thành lập, giúp cấp ủy đảng, quán triệt các quyết định của Đảng ở các cơ quan đoàn thể đó. Các cuộc họp của đảng đoàn thường là kín, hiếm khi mời những người ở ngoài đến họp. Bên Mặt trận và Chính phủ thì có những đảng viên công khai là đảng viên của Đảng nhân dân cách mạng (sau 1973 họ có thể công khai người của Đảng Lao động nữa), đảng viên bí mật, đang hoạt động trong hai đảng khác và ngoài đảng. Bên Liên minh thì chỉ toàn là đảng viên bí mật và ngoài đảng. Mặt trận, Liên minh và Chính phủ có thể họp liên tịch.

Các cuộc họp của Bộ Chính trị, Ban Bí thư, Trung ương Đ, hay của Trung ương Cục... đều có thể mời các đảng viên không phải là người của cơ quan đó đến dự nhưng họ không có quyền biểu quyết. Thực tế năm 1959 Hội nghị Trung ương 15 có một số cán bộ miền Nam ra không phải ủy viên Trung ương tham dự. Ông Nguyễn Hữu Thọ và một số cán bộ Mặt trận khác, các tướng lĩnh chiến trường cũng từng dự một số cuộc họp Bộ Chính trị. Các cuộc họp Trung ương Cục thường xuyên mời lãnh đạo bên Mặt trận, Chính phủ tham dự nếu liên quan trách nhiệm của họ.

Bên quân sự thì phân chia chỉ đạo chính trị và quản lý hành chính thuộc về Mặt trận và Chính phủ, Ban quân sự Mặt trận và Bộ quốc phòng, còn chỉ đạo quân sự thì thuộc về đảng Nhân dân cách mạng và Bộ Tư lệnh các Lực lượng Vũ trang Giải phóng miền Nam Việt Nam. Bộ tư lệnh thực tế là Ban quân sự của Trung ương Cục, nhưng Trung ương Cục lại là thiết chế bí mật một thời gian dài, hơn nữa, nhằm tạo cho quân giải phóng có tính độc lập tương đối nên quân giải phóng cũng như đảng, đều là thành viên của Mặt trận, và chỉ đạo quân đội là một Bộ tư lệnh do Đảng Lao động lãnh đạo. Về bí mật, Trung ương Cục và Bộ Tư lệnh miền chỉ chỉ đạo B2 (về Đảng năm 1964 tách Khu V về Trung ương, khi đó Bí thư khu V của ông Võ Chí Công chức vụ gần tương đương bí thư Trung ương Cục). Mỗi khu ủy tương ứng là quân khu. Sau này có tình trạng tách B3 khỏi B1, rồi hình thành B5 từ B4, nhưng B3 vẫn trong quân khu V, B5 vẫn trong quân khu Trị Thiên. Năm 1975 trước yêu cầu phải thống nhất về kinh tế một số mặt quan trọng nên Trung ương yêu cầu Chính phủ Cách mạng Lâm thời dưới quyền cả Hội đồng chính phủ Việt Nam Dân chủ cộng hòa, để có một chính sách thống nhất về một số mặt quan trọng đó.